Vegna þess að sameind þess inniheldur N-S tengi, beitir Kathon bakteríudrepandi áhrifum sínum með því að rjúfa tengslin í bakteríu- og þörungapróteinum. Við snertingu við örverur hamlar það hratt vöxt þeirra; þetta hömlunarferli er óafturkræft, sem leiðir til dauða örverufrumna. Áður en frumudauði er, geta -örverur meðhöndlaðar með Kathon ekki lengur myndað ensím eða seytt límandi líffilmuefni. Með því að komast í gegnum líffilmuna sem festist við yfirborð búnaðar fyrir kalt vatnskerfi stjórnar Kathon örverunum undir líffilmunni á áhrifaríkan hátt.
Sem ísóþíasólínónafleiða hafa samskipti Kathon við ýmsar bakteríur verið rannsökuð mikið. Sem heterósýklískt efnasamband er bakteríudrepandi verkunarháttur þess fyrst og fremst ó-oxandi, treystir á virka hluta heteróhringsins til að mynda vetnistengi við basa DNA í bakteríupróteinum, aðsogast að bakteríufrumunni og truflar þar með DNA uppbygginguna, sem gerir það að verkum að hún getur ekki endurtekið sig og leiðir til frumudauða.
