Venjulega er þetta tvennt oft aðgreint af notkun þeirra frekar en efnafræðilegri uppbyggingu, vegna þess að sama efni, eins og fenól, er notað sem rotvarnarefni í litlum styrk og sem sótthreinsiefni í hærri styrk. Flestir telja hugtakið "rotvarnarefni" óviðeigandi um lyf sem notuð eru almennt. Lyf sem almennt eru notuð sem bæði rotvarnarefni og sótthreinsiefni innihalda ýmsar staðgengar afleiður fenóls eins og bífenól, kresól og xýlenól; katjónísk yfirborðsvirk efni; halógen; oxunarefni eins og vetnisperoxíð og permanganat; anilín litarefni og akridín litarefni; þungmálmsölt; alkóhól; og aldehýð.
Rotvarnarefni eru einnig notuð sem aukefni í matvælum til að viðhalda upprunalegum gæðum og næringargildi matvæla. Það eru 25 leyfileg rotvarnarefni, þar á meðal bensósýra, natríumbensóat, sorbínsýra, kalíumsorbat og kalsíumprópíónat.
